Nivelet ovat yleisiä magneettikuvauskohteita. Röntgenkuvassa nivelistä näkyy lähinnä luu. Röntgenkuva soveltuu hyvin murtumien ja kuluman asteen karkeaan arviointiin. Rustoja tai nivelsiteitä ei röntgenkuvasta näe. Magneettikuvaus sen sijaan soveltuu hyvin nivelsiteiden, jänteiden ja rustojen arviointiin.
Kasvuikäisillä magneettikuvaus paljastaa erilaiset luun rasitusperäiset muutokset paljon ennen kuin röntgenissä näkyy mitään normaalista poikkeavaa.
Magneettikuvauksen aiheet nivelten magneettikuvauksessa ovat mm:
- epäily nivelsidevammasta
- epäily jännevammasta
- epäily rustovauriosta ja vaurioasteen röntgeniä tarkempi selvittely
- epäily röntgenkuvassa näkymättömästä murtumasta
- luuruhjeet
Harvinaisempia kuvausaiheita ovat mm. kasvainepäilyt ja tulehdukset.