Magneettikuvausta pidetään vieläkin kalliina tutkimuksena. Tutkimushinnat ovat kuitenkin viime vuosina pudonneet lisääntyneen kilpailun ja toiminnan tehostamisen vuoksi. Vielä reilu 5 vuotta sitten tavallisen magneettikuvauksen bruttohinta oli yli 500 euroa (ennen KELA-korvausta). Nykyään saman tutkimuksen bruttohinta on noin puolet tästä.
Magneettikuvauksen perustason työjuhta on edelleen 1,5 Teslan vahvakenttälaite. Näitä löytyy kattava valikoima useilta eri valmistajilta. Magneettikuvauslaite on painava (yli 5 tonnia) ja sijoitusympäristölle on massan lisäksi lukuisia vaatimuksia. Tarvittavine remontteineen ja tukijärjestelmineen investoinnin arvo nousee käytännössä yli miljoonaan euroon. Käyttökustannuksetkin ovat varsin merkittäviä. Lisäksi rahaa kuluu luonnollisesti henkilökunnan palkkoihin, nykyajan vaatimusten mukaisiin tietojärjestelmiin, lupiin, vakuutuksiin, toimitiloihin ym.